随着对靶向蛋白质降解技术研究的深入，现有技术存在的问题也逐渐显现出来：(1)由于小分子降解剂的研发与试验需要耗费一定的人力物力，现在能用靶向蛋白质降解技术敲除的靶蛋白仍然是非常小的一部分，无法满足干扰特定蛋白表达领域的需求；(2)由于蛋白质的相互作用较复杂，涉及到蛋白空间构象的正确折叠，因此靶向蛋白质降解技术本身存在着许多客观上难以逾越的障碍，包括降解剂能否与目标蛋白有效结合、是否存在脱靶效应、在细胞内发挥作用是否稳定等问题；(3)现有的靶向蛋白质降解技术多基于细胞内的泛素－蛋白酶体途径，而泛素－蛋白酶体途径主要作用于胞内蛋白，因此膜蛋白及分泌蛋白的降解仍然是目前的难点；(4)现有的靶向蛋白质降解技术在发挥作用时，存在未达到理想的降解程度、无法达到疾病治疗或蛋白质功能研究的目的、目标蛋白完全降解且细胞内与该蛋白相关的所有功能随之消失、蛋白量不足以维持机体正常生理活动等情况。因此，能够在机体中局部激活靶蛋白降解，避免对其它部位造成损伤，准确调控降解剂的活性，实时调控蛋白降解进程，势必会成为今后靶向蛋白质降解技术发展的方向。

参考文献：

[1] 郝亚峰, 王汉杰. 靶向蛋白质降解技术研究进展[J]. 化学与生物工程, 2020, 37(6): 1-5.