PROTAC的作用机制使得PROTAC分子在降解靶蛋白过程中具有两个重要特征。首先是形成靶蛋白、PROTAC和E3泛素连接酶的三元复合物。PROTAC分子对靶蛋白的降解具有浓度依赖性：在  PROTAC分子浓度较低时，靶蛋白被降解的程度随浓度升高而逐渐提高；PROTAC分子浓度过高时，反而会出现靶蛋白水平回升。这是由于靶蛋白和E3泛素连接酶均被小分子占据，形成了二元复合物，降低了靶蛋白的降解效率。其次，PROTAC分子对蛋白的降解起催化作用，靶蛋白通过26S蛋白酶途径降解后，PROTAC分子被释放出来，继续参与降解下一个靶蛋白。因此，只需催化量的PROTAC分子就可以诱导靶蛋白降解。

大量研究发现，PROTAC技术具有以下显著优势：①用量小；②较低的药物暴露量降低了脱靶效应产生的可能性，减少毒副作用；③不会引起耐药；④不依赖于蛋白活性中心亲和力，可选择性高；⑤没有抑制剂和靶蛋白复合物堆积；⑥较少给药次数；⑦更重要的是，由于PROTAC只需要结合活性，触发靶蛋白与E3酶结合从而引发降解这一事件，属于“事件驱动”，与传统的小分子抑制剂的“占位驱动”不同，不需要直接抑制靶蛋白的活性，药物不需要与靶蛋白长时间和高强度的结合，因此可以靶向传统难以成药的蛋白。

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