K11泛素链：其功能与细胞周期有关。细胞分裂后期可促进复合体(APC/C)与唯一已知的K11特异性的E2酶UBE2S共同合成K11特异性泛素链，但被K11标记的底物并不能被蛋白酶体高效降解。实际上APC/C介导的泛素化主要以分支结合为主，形成的泛素链不止一种连接类型。因此，完全由单一K11连接的泛素链的功能仍然不清楚。

K27泛素链：主要功能可能与招募特定蛋白有关，研究报道称有2个泛素连接酶能合成K27泛素链。一种是 RNF168，能够在细胞内促进组蛋白H2A和H2A.X的K27泛素链修饰；另一种是HECT泛素连接酶HACE1，能够在其底物optineurin和YB-1上催化K27泛素链的合成。

K29泛素链：能够被HECT泛素连接酶KIAA10/UBE3C合成。在人类细胞中，对蛋白酶体的抑制能够导致K29泛素链的积累，显示K29泛素链可能是一种蛋白酶体相关的降解信号。然而，当蛋白酶体的功能被抑制时，UBE3C能够在蛋白酶体的泛素受体Rpn13上催化K29泛素链的合成，以阻止底物蛋白进入蛋白酶体。因此K29泛素链可能行使的是一种调控蛋白酶体的功能。

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